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人感到自危，特別是在教皇國處於鼎盛期的大半個世紀之中，西歐各國充斥著一派宗教恐怖的氣氛，從而為所謂中世紀的黑暗抹上了一筆濃重的陰影。
隨著教皇國鼎盛期的過去，對於異端的懲罰主要集中在異端神學家及其宗教改革之上。因為隨著王權的逐漸崛起，羅馬教皇已不得不從世俗政治事務之中退出，轉而企圖對教徒的靈魂進行全面的控制，以保住天主教教會在這一方面的最大權力。因此，正如教皇國鼎盛期具有代表性的正統神學家托馬斯·阿奎那在他的《神學大全》之中所認為的那樣：“凡犯有異端罪行的，不僅應該革除教籍，還應處死，從世上清除。偽造錢幣是為了維持肉體生命，而異端活動腐蝕、毀滅靈魂，性質比偽造錢幣遠為嚴重。世俗君主對偽造錢幣犯判處應得的死刑，對異端分子就有充足的理由判處死刑。”
這樣的處死異端的邏輯推導來自經院哲學所獨具的論辯方法：提出一個命題以後，再分成若干層次，於是就引經據典地進行討論。在《神學大全》之中，托馬斯·阿奎那運用亞里斯多德哲學來進行神學討論，使神學在中世紀成為包
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