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情況才引起了當地的熊本大學醫學院教授們的重視。他們與市醫師會和其他醫院組成對這一怪病的研究會，專門對此開展調查。經過長達五年的研究調查，他們認為這種怪病與重金屬中毒有關，尤其是汞的可能性最大。他們把貓和人病死的各種症狀聯想起來分析，找到了吃魚中毒這一共同的受害根源。
原來，日本氮肥廠把大量含汞的廢水排放到水俁灣中，大量的汞被海魚吸收之後在體內累積形成甲基汞，而人和貓吃了這種毒魚後就會致病死亡。事實上，事後日本氮肥廠醫院用貓進行的實驗也已經完全證明水俁病與氮肥廠排出的廢水有關
儘管當時已經真相大白，但是氮肥廠也責令該廠醫院的試驗者嚴加保密並拒絕承認事實，加之當時日本地方政府只注重發展經濟，完全沒有考慮環境保護和居民的安全，地方政府極力反對公開事實的真相。以至於從1959年發現水俁病的病因，到1968年日本氮肥廠停止排放含汞廢水，期間共拖延了整整9年的時間，使水俁病在當地不斷蔓延。
當時已知水俁鎮的受害人數多達
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